Les vaccins vivants ne doivent pas être administrés pendant le traitement par abatacept ou dans les 3 mois suivant son arrêt. Les médicaments pouvant affecter le système immunitaire, y compris abatacept, peuvent atténuer l'efficacité de certaines immunisations.
Il est recommandé, pour les patients atteints d'arthrite juvénile idiopathique, que toutes les vaccinations soient à jour conformément aux recommandations vaccinales en vigueur, avant l'instauration du traitement par abatacept.